缺少独立而封闭的冷链系统。一个完整的冷链物流包括冷冻加工、冷冻储存、冷冻运输和配送、冷冻销售四个环节。因此，只有在使农产品处于生理需要的四个环节中的低温环境中，才能保证其质量，降低其损耗。但是，目前我国能够独立开展冷链综合物流服务的企业很少，各地虽然都有一定数量的冷库和冷运车队，但服务功能单一，规模不大，服务范围不广，没有形成一个能够满足市场需求的跨区域的服务网络，无法提供全过程的综合物流服务。另外，任何一个环节、任何一个企业的不规范都会导致产品质量的下降。比如加工环节部分企业原料使用不当，储藏环节部分企业常温下装卸时间过长，运输和配送环节部分企业不当…保温车代替制冷车的企业；销售环节中有些企业冷柜温度设置过高，会影响产品的品质和贮藏时间。因此，只有在使农产品处于生理需要的四个环节中的低温环境中，才能保证其质量，降低其损耗。但是，目前我国能够独立开展冷链综合物流服务的企业很少，各地虽然都有一定数量的冷库和冷运车队，但服务功能单一，规模不大，服务范围不广，没有形成一个能够满足市场需求的跨区域的服务网络，无法提供全过程的综合物流服务。另外，任何一个环节、任何一个企业的不规范都会导致产品质量的下降。比如加工环节部分企业原料使用不当，储藏环节部分企业常温下装卸时间过长，运输和配送环节部分企业不当…保温车代替制冷车的企业；销售环节中有些企业冷柜温度设置过高，会影响产品的品质和贮藏时间。

包装保鲜技术落后，经济损失严重；鲜果、蔬菜等农产品长期以来都是我国的主要出口商品，但包装粗糙，保鲜技术落后，每年有数万吨鲜果和蔬菜腐烂，经济损失严重。有些国家进口我国的农产品经过重新包装后，进入国内市场，市场价比进口时高得多。尤其是我国加入 WTO后，关税降低，国外农产品大量进入我国市场，使我国农产品的竞争力进一步降低。

设备设备老化，冷藏运输效率低下；当前，我国农产品的冷藏运输主要采用公路和铁路运输，而冷藏运输和冷藏保鲜车很少，铁路上的冷藏运输大多是机械式速冻车皮，规范缺少保鲜式保鲜箱。装载车辆多在露天而不是冷藏室和保暖的地方运行，大多数的农产品是用普通货车运输的，顶多盖上一块塑料或帆布。另外，原有的设施设备陈旧，分布、开发不平衡，无法为农产品流通提供系统低温保障，造成农产品大量流失。许多冷库的功能比较单一，导致冷库的利用率没有随着库容的增加而提高。而且在生产淡季或原料资源不足的情况下，冷库常常是闲置的。

没有足够的质量监督。一是农产品冷链物流管理能力不强，管理制度不完善，管理队伍薄弱，人员素质不高，缺乏现代管理知识和经验，加之部分地方机构性质不明，职能不清，经费、硬件设施匮乏，难以适应新形势。同时，我国冷链物流法律法规不健全，设施、设备及操作规程、温度控制等方面缺乏统一的标准和技术规范；对农产品货架期、外包装及运输温度的检查力度不够，对违规企业的处罚力度不够，社会监督机制还不健全。

第三方物流滞后。除外贸出口部分外，我国农产品国内销售部分的物流配送业务大部分由经销商完成。目前，农产品低温物流仍以自营物流为主，能保证对整个冷藏供应链进行温度控制的正规第三方冷链物流企业并不多，规模较小。由于激烈的价格竞争，使他们没有利润来进行投资，扩大规模，导致第三方物流发展相对滞后。